Het makkelijkste is om gebruikte flesjes direct na het drinken schoon te maken, maar in ieder geval om te spoelen. Het schoonmaken van een fles kan met water met hier in soda opgelost. Doe de water-soda oplossing in het flesje en laat dit minimaal 40 minuten staan met warm water, of een nacht met koud water. (meer mag ook) Nadat de oplossing heeft geweekt, moet met een flessenborstel alles even goed schoon geschrobd worden. Tot slot moet de fles goed omgespoeld worden met water en vlak voor het brouwen gedesinfecteerd worden met bijvoorbeeld puro san.
Het is best wel een klus om in elk flesje soda te doen en hier water bij te doen. Je kan ook een grote bak met water maken, waar je alle flesjes in laat verdrinken. Hiervoor moeten dan wel alle etiketten en lijm resten van de flesjes zijn. De lijmresten hebben een negatief effect op de soda en de flessen worden dan niet goed schoon.
Als flesjes of een vergistings vat lang gebruikt wordt, kan er een aanslag van biersteen in ontstaan. Biersteen is niet weg te halen met soda, maar hiervoor is een bijtend zuur nodig